在提交软件著作权登记申请文件时，需要提交以下材料：

填写完整的软件著作权登记申请表。该表包括软件名称、版本号、主要功能和技术特点等信息，需要认真填写。

软件的鉴别材料。软件的鉴别材料包括源代码和用户操作界面的截图，需要提供完整的源代码和用户操作界面的截图，以证明软件的原创性和独特性。

相关的证明文件。需要提供自然人、法人或者其他组织的身份证明，以及软件开发的合同或者项目任务书等证明文件。如果软件著作权发生变更，还需要提供相关的证明文件。

其他必要的材料。根据具体情况可能需要提供其他的证明文件或材料，如软件测试报告、技术文档等。

需要注意的是，提交的申请材料必须真实、准确、完整，符合相关法律法规的要求。同时，在提交申请前，建议对申请材料进行仔细审查和核对，确保申请的顺利进行。